O Conselho Fiscal é eleito na Assembléia Geral Ordinária convocada geralmente no primeiro bimestre do ano e escolhido pelos seus membros.
Este conselho é responsável pelo acompanhamento das atividades realizadas na instituição e na conferência da prestação de contas, que é também analisada anualmente por um auditor externo.
Os membros selecionados são pessoas da comunidade, sejam eles integrantes do corpo docente, funcionários ou membros da comunidade local, que ao aceitarem o cargo passam a acompanhar as atividades de escrituração e prestação de contas da instituição.
Para o exercício 2009/2010 os participantes da Assembléia convocada escolheram os seguintes representantes:
Membros efetivos:
Francisco Custódio Neto
Maria Cássia da Silva
Marco Antônio Oliveira Amorim
Membros Suplentes:
Alberto Ângelo de Araújo
Luiz Gustavo Mendes
André Rodrigues Monticelli
